Одной из самых обширных по количеству предметов хранения является нумизматическая коллекция (более 70 тысяч единиц.) Нумизматическая коллекция Ярославского музея-заповедника имеет одну особенность, которая делает ее интересной и значимой. Речь идет о наличии в ее составе 54-х монетных и 4-х кладов бумажных денежных знаков. Древнейшим является клад дирхемов (Арабский халифат VIII-Х вв.)
Начало формированию нумизматической коллекции Ярославского музея было положено членами Ярославской губернской ученой архивной комиссии — общественной организации, возникшей в Ярославле в 1889 г.
Одним из первых и самых ценных поступлений стала коллекция русских и иностранных монет, собранная И. А. Вахромеевым, купцом, общественным деятелем и меценатом, Почетным гражданином Ярославля. В 1894 г. он пожертвовал Комиссии 1500 русских и иностранных монет, среди них и монеты до 1547 г.
После революции в результате проведенной национализации и конфискации частных коллекций нумизматическое собрание Ярославского музея выросло на 10000 единиц и составило (данные на 1924 г.) 14257 монет.
Коллекция современного Ярославского музея-заповедника включает восточные, античные, западноевропейские и русские монеты, среди последних — монеты удельных княжеств, великокняжеского периода, централизованного русского государства, монеты императорского периода, Советского Союза, Российской Федерации.
Особенную ценность представляют монеты-копейки Ярославского денежного двора, который работал в городе в начале ХVII века, в период смуты, когда Ярославль фактически играл роль временной столицы Русского государства.
Атрибуцию монет нумизматического собрания в разное время проводили профессор Ярославского Демидовского юридического лицея Э. Н. Берендс, хранитель Исторического музея А. В. Орешников, академик РАН В. Л. Янин, заведующая отделом нумизматики Государственного исторического музея (ГИМа), доктор исторических наук А. С. Мельникова; атрибуция клада дирхемов выполнена специалистами ГИМа С. А. Яниной и А. В. Фоминым, остальных кладов на современном уровне нумизматических исследований специалистами музея-заповедника Т. В. Рязанцевой и А. В. Максимовым.