В условиях начавшейся Великой Отечественной войны одной из главных задач стало сохранение музейных ценностей. В 1941 году Наркомпрос РСФСР выпустил приказы, которые предписывали эвакуацию музейных коллекций в тыловые районы. Местом эвакуации для ярославских музеев был назначен город Галич в 222 км от Ярославля.
30 ноября 1941 года из Ярославля отправился товарный вагон с 79 ящиками ярославских музеев (из них более 30 ящиков областного краеведческого музея, 21 ящик и две скульптуры областного музея искусств). До Галича вагон добирался 18 дней: его то отцепляли, то прицепляли к разным эшелонам. Возвращение ценных фондов из Галича состоялось только к концу
1944 года.
В 1941–1942 гг. штат Ярославского областного краеведческого музея сократился с 67 до 23 человек — сотрудники были призваны или ушли добровольцами в Красную Армию и на трудовой фронт (разгружали дрова, расчищали железнодорожные пути, участвовали в сельскохозяйственных работах).
Сотрудники проводили лекции, устраивали передвижные выставки, читали художественную литературу для раненых.
Здание музея на Советской площади были отданы под военные организации, бомбоубежище, учебные заведения и другие нужды.
Только
в 1944 году помещения музея начали освобождаться, сотрудники своими силами начали ремонт, чтобы восстановить музей.
В апреле 1945 года в отремонтированных помещениях Ярославского областного краеведческого музея открылась большая (более 2,5 тысяч экспонатов!) выставка «Ярославская область в дни Великой Отечественной войны».
Подробнее узнать о работе музея в годы войны и о сотрудниках на виртуальной выставке «Музей работал для Победы».